Jusqu'à récemment, presque personne n'avait entendu parler du « virus Oropouche ». Mais après une épidémie à grande échelle qui a balayé le Brésil en 2023, le virus, initialement limité au bassin amazonien, a rapidement attiré l'attention internationale : des dizaines de milliers de personnes ont été infectées, le premier décès du pays est survenu et s'est propagé au-delà des zones d'endémie traditionnelles.
L'Organisation mondiale de la santé a ensuite appelé au développement rapide de nouveaux outils de surveillance, de prévention et de contrôle. Deux études récentes publiées dans Nature Medicine et Nature Health montrent que le nombre réel de personnes infectées est bien plus élevé que les rapports officiels. L'équipe de recherche a estimé, grâce à la déduction d'un modèle mathématique, à l'analyse de données historiques et à l'analyse d'échantillons de banques de sang, que depuis 1960, environ 9,4 millions de personnes en Amérique latine et dans les Caraïbes ont été infectées par le virus Oropouche, dont environ 5,5 millions de cas pourraient être survenus au Brésil.
La maladie provoque des symptômes tels que de la fièvre, avec des manifestations cliniques similaires à celles de la dengue. Chez certains patients, le virus Oropouche peut entraîner des complications graves, notamment des maladies neurologiques telles que la méningite et la méningo-encéphalite ; il peut également provoquer une microcéphalie lorsque le virus est transmis de la mère au fœtus. José Luiz Proença Módena, l'un des responsables de l'étude et coordinateur du Laboratoire de recherche sur les virus émergents (LEV) de l'Université d'État de Campinas, a déclaré : « L'ampleur de la maladie à laquelle nous sommes confrontés est beaucoup plus grande qu'on ne le pensait auparavant, ce qui nécessite un niveau d'attention plus élevé. Nous estimons qu'un cas confirmé sur mille développe des complications graves, notamment des troubles neurologiques, une microcéphalie, une fausse couche et des lésions hépatiques, ce qui augmente considérablement sa priorité de santé publique.
Manaus, la plus grande ville de la région amazonienne, est devenue « l'épicentre » de la crise. Les recherches montrent qu'entre 2023 et 2024, environ 300 000 personnes seront infectées localement par le virus Oropouche, soit près de 260 fois le nombre officiel de cas confirmés. Les résultats de l'enquête sérologique montrent que la proportion d'anticorps anti-virus Oropouche positifs parmi les habitants de Manaus a augmenté de 11,4 % en novembre 2023 à 25,7 % en novembre 2024, soulignant la propagation généralisée et soutenue du virus dans la zone locale.
William de Souza, co-auteur de l'étude et professeur à l'Université du Kentucky aux États-Unis, a souligné qu'il existe de multiples raisons à une sous-déclaration grave, la plus importante étant « l'épidémie silencieuse » à long terme du virus avant d'atteindre les limites de la ville : un grand nombre de cas sont asymptomatiques ou légers, et une confirmation en laboratoire ne peut être obtenue. Ce modèle de transmission contribue à expliquer comment le virus Oropouche s'est propagé à travers le Brésil et au-delà des frontières vers les pays voisins, incitant finalement l'OMS à émettre une alerte internationale.
Dans les zones reculées de l’Amazonie, la prévention et le contrôle des épidémies se heurtent à des difficultés pratiques encore plus graves. Les patients mettent souvent plus de 24 heures pour arriver dans un établissement médical, ce qui signifie qu'un grand nombre de cas ne sont pas détectés au début de l'évolution de la maladie et que le virus peut « circuler de manière cachée » dans les franges urbaines-rurales et les petites communautés pendant une longue période. L'équipe de recherche a découvert que le virus Oropouche peut se propager dans la population à de faibles niveaux et de manière persistante, souvent en dessous du seuil de détection des systèmes de surveillance conventionnels. À Manaus, les chercheurs ont identifié deux grandes épidémies – une dans les années 1980 et une autre en 2023, qui ont toutes deux infecté plus de 12 % de la population locale.
Il convient de noter que certaines personnes infectées dans les années 1980 sont encore capables de neutraliser la souche actuelle de nouvelle génération, ce qui suggère que le virus pourrait induire une immunité protectrice croisée à plus long terme et fournir des indices importants pour les futures stratégies vaccinales.
Les recherches montrent également que la résurgence de l’épidémie en 2023 confirme que le virus Oropouche s’est largement répandu au Brésil. L'État d'Espiritu Santo a signalé le taux d'incidence cumulé le plus élevé, enregistrant 318 cas pour 100 000 habitants. La région du sud-est du Brésil est devenue le nouveau centre de déclaration, représentant environ 57,9 % des cas du pays.
A la différence des arbovirus plus connus comme la dengue, le vecteur du virus Oropouche n'est pas le moustique Aedes, mais des moucherons microscopiques (nom scientifique : Culicoides paraensis) communément appelés « moucherons des poudres ». Des études montrent que l'incidence de la maladie dans les zones rurales est 11 fois plus élevée que dans les villes. Souza a souligné que les moustiques Aedes préfèrent se reproduire dans des environnements d'eau stagnante, tandis que les moucherons des poudres pondent leurs œufs dans un sol humide et riche en matière organique, ce qui en fait un « insecte suceur de sang » typique de la jungle, plus commun dans les forêts humides et la végétation autour des villes que dans les rues en béton et les égouts domestiques. De plus, les moucherons poudreux mesurent environ un tiers de la taille des moustiques ordinaires et sont suffisamment grands pour passer à travers les trous courants des moustiquaires, ce qui augmente également objectivement le risque de transmission.
L'équipe de recherche a souligné que les caractéristiques écologiques de ce « virus de la jungle » signifient que les stratégies traditionnelles de prévention et de contrôle de l'urbanisation - telles que la fumigation à grande échelle des places et des rues pavées - ont une efficacité limitée contre le virus Oropouche. Ils ont également souligné que le violent rebond de cette vague épidémique n’est pas seulement lié au climat, mais aussi au réassortiment génétique (recombinaison) du virus lui-même.
Dans les dernières recherches, les scientifiques ont découvert une nouvelle lignée de virus résultant d'un « réassortiment » génétique. Ce processus se produit lorsque deux virus différents co-infectent la même cellule et que les segments génétiques sont recombinés lors de la réplication. Ce mécanisme peut augmenter l’efficacité de la réplication du virus et réduire la capacité neutralisante des anticorps formés après une infection précédente, aidant ainsi l’agent pathogène à s’adapter au nouvel environnement écologique et à se propager à de nouvelles zones.
Módena a souligné que la réémergence du virus Oropouche montre que la prévention et le contrôle ne peuvent pas être effectués de la même manière que les autres arbovirus, car l'écologie et le comportement des vecteurs Oropouche sont complètement différents de ceux des moustiques Aedes. Le système de surveillance actuel axé sur les villes ne reflète clairement pas de manière adéquate la véritable ampleur de la maladie, ce qui conduit à une sous-déclaration et une sous-estimation généralisées du risque. Il a également souligné que même si les personnes précédemment infectées peuvent acquérir une immunité à long terme, le fait que le virus se propage rapidement dans tous les États brésiliens montre que le système de santé doit de toute urgence construire un réseau de tests plus sensible et plus large, notamment pour renforcer les capacités de surveillance en dehors des grandes zones urbaines.
L'équipe de recherche a appelé à une refonte structurelle du système de surveillance du virus Oropouche et a avancé un certain nombre de suggestions spécifiques : mener des enquêtes sérologiques continues, intégrer des échantillons de banques de sang dans le système « d'alerte précoce », introduire des outils numériques de surveillance et de séquençage du génome pour suivre les épidémies et les mutations virales, promouvoir les tests en laboratoire des grandes villes aux zones locales, et construire un réseau de surveillance actif et normalisé qui intègre les données environnementales, les données sérologiques et les données génomiques. Ces mesures visent à identifier les risques à l'avance, à fournir une base pour le développement de vaccins et les stratégies de vaccination, et à empêcher ce « virus négligé » de franchir discrètement la ligne de défense de la santé publique mondiale à l'avenir.