Une étude a révélé que le virus SARS-CoV-2 peut persister dans les poumons jusqu’à 18 mois après l’infection, mettant en doute l’idée selon laquelle le virus est indétectable après la guérison initiale. Cette persistance est associée à un dysfonctionnement du système immunitaire inné. Cette étude confirme l'existence de « réservoirs viraux » similaires à ceux du VIH et met en avant le rôle des cellules NK dans le contrôle de ces réservoirs. Cette découverte est essentielle à la compréhension du Long-COVID et des mécanismes par lesquels le virus persiste.
Une étude révolutionnaire révèle qu’en raison d’une défaillance du système immunitaire inné, le SRAS-CoV-2 peut rester dormant dans les poumons pendant des mois, sans être détecté, et provoquer un long COVID.
Une à deux semaines après l’infection au COVID, le virus SARS-CoV-2 est généralement indétectable dans les voies respiratoires supérieures. Mais cela signifie-t-il que le virus n’existe plus dans le corps humain ? Pour le savoir, le groupe spécialisé VIH/SIDA de l'Institut Pasteur, en collaboration avec le Commissariat aux énergies alternatives et à l'énergie atomique (CEA), a étudié des cellules pulmonaires issues de modèles animaux. Les résultats montrent que non seulement le SRAS-CoV-2 persiste dans les poumons de certaines personnes jusqu'à 18 mois, mais que sa persistance semble être liée à une rupture de l'immunité innée, la première ligne de défense contre les agents pathogènes. La recherche a été publiée dans la revue Nature Immunology.
Un réservoir viral découvert dans le COVID-19
Certains virus restent dans l’organisme de manière subtile et indétectable après avoir provoqué une infection. On les appelle « bases de données virales ». C’est le cas du VIH, qui sommeille dans certaines cellules immunitaires et peut se réactiver à tout moment. Cela peut également être le cas du virus SARS-CoV-2, responsable du COVID-19. C'est du moins l'hypothèse proposée en 2021 par une équipe de scientifiques de l'Institut Pasteur, et aujourd'hui confirmée dans des modèles précliniques chez des primates non humains.
"Nous avons observé que l'inflammation persiste longtemps chez les primates infectés par le SARS-CoV-2. Nous avons donc soupçonné que cela pourrait être dû à la présence du virus dans l'organisme", explique Michaela Müller-Trutwin, responsable du groupe de recherche VIH, inflammation et persistance à l'Institut Pasteur.
Résultats de la recherche
Pour étudier la persistance du virus SARS-CoV-2, des scientifiques de l'Institut Pasteur, en collaboration avec le centre IDMIT (Modélisation des maladies infectieuses pour des thérapeutiques innovantes) du CEA, ont analysé des échantillons biologiques issus de modèles animaux infectés par le virus. Les résultats préliminaires de l’étude montrent que même si le virus n’était pas détectable dans les voies respiratoires supérieures ni dans le sang, il a été détecté dans les poumons de certaines personnes six à 18 mois après l’infection. Une autre découverte était que la souche Omicron persistait en quantités inférieures de virus dans les poumons que la souche originale du SRAS-CoV-2.
Nicolas Huot, premier auteur de l'étude et chercheur au sein du groupe de recherche VIH, inflammation et persistance de l'Institut Pasteur, a déclaré : « Nous avons été très surpris de constater qu'après si longtemps, le virus était détecté dans certaines cellules immunitaires - les macrophages alvéolaires - où les tests PCR classiques étaient négatifs. De plus, nous avons cultivé ces virus et observé qu'ils étaient encore capables de se répliquer grâce aux outils que nous avons développés pour étudier le VIH.
Pour comprendre le rôle de l’immunité innée dans le contrôle de ces réservoirs viraux, les scientifiques se sont ensuite tournés vers les cellules NK (natural killer). Michaela Müller-Trutwin déclare : « La réponse cellulaire de l'immunité innée est la première ligne de défense de l'organisme, mais jusqu'à présent, l'infection par le SRAS-CoV-2 a été peu étudiée. Cependant, on sait depuis longtemps que les cellules NK jouent un rôle important dans le contrôle des infections virales. cellules) et détruire les cellules résistantes, en l’occurrence les macrophages. »
Cette étude révèle donc un mécanisme qui pourrait expliquer l’existence d’un « réservoir viral » : les personnes infectées par des virus depuis longtemps ou par très peu de virus produiront des cellules NK adaptatives, tandis que les personnes infectées par davantage de virus n’auront non seulement pas de cellules NK adaptatives, mais auront également une activité réduite des cellules NK. Par conséquent, l’immunité innée semble jouer un rôle dans le contrôle des virus SARS-CoV-2 persistants.
"Nous commencerons à étudier les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 au début de la pandémie afin de déterminer si les réservoirs viraux et les mécanismes découverts sont pertinents pour les cas de COVID à long terme. Mais les résultats ici représentent déjà une étape importante vers la compréhension de la nature du réservoir viral et des mécanismes qui régulent la persistance du virus", explique Michaela Müller-Trutwin. "
Référence « La persistance du virus SARS-CoV-2 dans les macrophages alvéolaires est contrôlée par les cellules IFN-γ et NK », auteurs : Nicolas Huot, Cyril Planchais, Pierre Rosenbaum, Vanessa Contreras, Beatrice J acquelin, Caroline Petitdemange, Marie Lazzerini, Emma Beaumont, Aurelio Orta-Resendiz, Félix A. Rey, R. Keith Rey, Félix A. Rosenbaum. Rey, R. Keith Reeves, Roger LeGrand, Hugo Mouquet et Michaela Müller-Trutwin, 2 novembre 2023, Nature Immunology.
DOI:10.1038/s41590-023-01661-4
Source compilée : ScitechDaily