Les chercheurs ont découvert un nouveau bactériophage dans la fosse des Mariannes, spécifiquement à partir de sédiments situés à 8 900 mètres de profondeur. Cette découverte révèle une famille de virus jusqu’alors inconnue dans les grands fonds et fournit des indices pour comprendre les caractéristiques génomiques et l’évolution des virus des grands fonds.
"La fosse des Mariannes est l'endroit le plus profond sur Terre, avec une chute de près de 11 000 mètres (36 000 pieds) au point le plus bas du fond de l'océan Pacifique. Même dans cet abîme sans fond et glacial, la vie existe toujours." Le Dr Wang Min, virologue marin à l'Université océanique de Chine à Qingdao, a déclaré : « Partout où il y a de la vie, il doit y avoir des régulateurs à l'œuvre ». Dans ce cas, il s’agit de virus.
Dans une étude récente publiée dans la revue Microbiology Spectrum, Wang Min et une équipe de chercheurs internationaux ont rapporté avoir isolé un nouveau virus dans des sédiments à 8 900 mètres de profondeur. Le virus est un type de bactériophage, un virus qui infecte et se réplique au sein des bactéries, et les bactériophages sont considérés comme les formes de vie les plus abondantes sur Terre. "À notre connaissance, il s'agit du phage le plus profondément isolé connu dans l'océan mondial", a déclaré Wang.
Le phage récemment découvert infecte les bactéries du phylum Halomonas, que l'on trouve couramment dans les sédiments des grands fonds marins et les sources hydrothermales, qui sont des ouvertures en forme de fontaine au fond de l'océan qui libèrent de l'eau chauffée. Wang a déclaré que l'analyse du matériel génétique viral par l'équipe de recherche a révélé l'existence d'une famille de virus jusqu'alors inconnue dans les eaux profondes et a acquis de nouvelles informations sur la diversité, l'évolution et les caractéristiques génomiques des phages des eaux profondes, ainsi que sur les interactions phage-hôte.
Dans des travaux antérieurs, les chercheurs ont utilisé l’analyse métagénomique pour étudier les virus qui infectent les bactéries de la classe Oceanospirallales, qui comprend Halomonas. Dans la nouvelle étude, l'équipe de recherche de Wang a recherché des virus dans des souches bactériennes collectées et isolées par une équipe de recherche dirigée par le Dr Zhang Yuzhong, virologue marin à l'Université océanique de Chine à Qingdao. Les recherches de Zhang explorent la vie microbienne dans des environnements extrêmes, notamment les régions polaires et la fosse des Mariannes.
L'analyse génomique du nouveau virus, identifié comme vB_HmeY_H4907, a montré qu'il est largement distribué dans l'océan et qu'il est structurellement similaire à son hôte. L'étude souligne de nouvelles questions et domaines de recherche axés sur les stratégies de survie des virus dans des environnements difficiles et énigmatiques - et sur la manière dont ils co-évoluent avec leurs hôtes. Le nouveau virus est lytique, ce qui signifie qu’il peut envahir l’hôte et se répliquer, mais ne tue généralement pas les cellules bactériennes. À mesure que les cellules se divisent, le matériel génétique du virus est copié et transmis.
Dans les études futures, l'équipe de recherche prévoit d'étudier les mécanismes moléculaires à l'origine des interactions entre les virus des grands fonds et leurs hôtes, a déclaré Wang. Ils recherchent également d'autres nouveaux virus dans des environnements extrêmes, "ce qui contribuera à élargir notre compréhension de la sphère virale", a déclaré Wang. "Les environnements extrêmes offrent les meilleures perspectives pour découvrir de nouveaux virus."