Une étude récente menée par plusieurs instituts de recherche scientifique aux États-Unis montre que le lait maternel n'est pas seulement une source de nutriments et d'anticorps dans les premiers stades de la vie d'un bébé, mais constitue également son propre écosystème microbien. La communauté bactérienne qui s'y trouve est susceptible de jouer un rôle clé dans l'établissement précoce du microbiome intestinal du bébé. L'équipe de recherche a utilisé une technologie avancée de séquençage métagénomique pour suivre la correspondance entre les lignées bactériennes présentes dans le lait maternel et la flore intestinale du nourrisson, fournissant ainsi l'une des preuves les plus claires à ce jour montrant que certaines bactéries présentes dans le lait maternel peuvent être transférées « verticalement » au bébé pendant le processus d'allaitement.
Traditionnellement, les discussions sur le lait maternel se sont concentrées sur des aspects tels que le contenu nutritionnel, les anticorps immunitaires et l’attachement parent-enfant, alors qu’une attention relativement limitée a été accordée aux bactéries présentes dans le lait maternel. Cependant, il existe un « microbiote laitier » petit mais structurellement stable dans le lait maternel. Ces bactéries peuvent affecter le chemin de colonisation de la flore intestinale du nourrisson, affectant ainsi de multiples processus physiologiques tels que l'absorption des nutriments, le métabolisme et la maturation du système immunitaire. La nouvelle étude, publiée dans Nature Communications, a analysé systématiquement la manière dont la composition des différentes flores du lait maternel est liée à la formation de micro-organismes intestinaux chez le nourrisson.
Le lait maternel étant riche en matières grasses et globalement pauvre en bactéries, il a été techniquement difficile d’en obtenir suffisamment de matériel génétique pour une analyse approfondie. Bien que le lait maternel soit largement recommandé comme seule source de nutrition pour les nourrissons au cours des premiers mois de la vie, de nombreuses questions restent sans réponse sur le microbiome du lait, en partie parce qu'il est si difficile à analyser, a déclaré l'auteur principal Pamela Ferretti, chercheuse postdoctorale au laboratoire de Blekhman au centre médical de l'Université de Chicago. Cette étude a pu systématiquement surmonter ce goulot d'étranglement en s'appuyant sur des centaines d'échantillons de lait collectés dans le cadre de l'étude de cohorte à grande échelle « Maternal and Infant Health Linkage (MILk) » et combinée à l'expérience de l'équipe en matière de recherche métagénomique et sur le microbiome infantile.
L'équipe de recherche a analysé un total de 507 échantillons provenant de 195 couples mère-enfant, couvrant à la fois le lait maternel et les excréments du nourrisson. Les données montrent qu'il existe une combinaison bactérienne caractéristique dans le lait maternel, parmi laquelle Bifidobacterium est dominant, notamment Bifidobacterium longum (Bifidobacterium longum), Bifidobacterium breve (B. breve) et Bifidobacterium bifidum (B. bifidum). Bifidobacterium longum a été détecté dans plus de la moitié des échantillons de lait maternel, et dans le microbiome intestinal du nourrisson, cette espèce était présente en grande abondance dans plus de 98 % des échantillons. Ce chevauchement important est considéré comme un indice important démontrant que le lait maternel est impliqué dans la construction de la flore intestinale.
Ferretti souligne qu'il est bien établi que Bifidobacterium longum est très répandu dans l'intestin du nourrisson, mais la découverte d'une « signature » aussi forte de la même espèce dans les échantillons de lait maternel était inattendue. Des études antérieures sur les bactéries du lait maternel ont rapporté davantage sur Staphylococcus, Streptococcus et d'autres genres bactériens, reflétant les limites des méthodes de détection précédentes et la profondeur de l'analyse. On s’attend à ce que les nouveaux résultats incitent la communauté universitaire à réévaluer la composition et la structure du microbiote du lait maternel ainsi que sa signification biologique.
Contrairement aux études précédentes qui utilisaient principalement le séquençage d’amplicons, cette étude a utilisé la technologie de séquençage métagénomique, qui peut reconstruire une plus large gamme d’informations génomiques dans des échantillons bactériens mixtes et est précise au niveau de la souche. Ce type de résolution est crucial pour retracer le « chemin de transmission » entre le lait maternel et l’intestin du nourrisson, car ce n’est que lorsqu’il y a une correspondance au niveau de la souche, plutôt qu’au niveau de l’espèce, que les chercheurs peuvent déduire l’existence d’un événement de transmission réel. Le rapport de recherche a documenté 12 cas de la même souche bactérienne coexistant dans le lait maternel et dans les intestins de son nourrisson, ce qui est considéré comme une preuve solide de transmission verticale par l'allaitement.
Il s'agit notamment de bactéries symbiotiques bénéfiques telles que Bifidobacterium longum et Bifidobacterium bifidum, qui peuvent décomposer les oligosaccharides du lait maternel (HMO) et favoriser le développement intestinal sain des nourrissons ; ils comprennent également des « bactéries pathogènes opportunistes » telles que Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Ces dernières peuvent exister sous forme de bactéries commensales intestinales chez des personnes en bonne santé, mais peuvent provoquer une infection dans certaines circonstances ou selon le statut immunitaire. L'équipe de recherche a souligné que les mères et les nourrissons participant à l'étude étaient des individus cliniquement sains. La présence de ces souches dans le lait ne signifie pas nécessairement qu'elles sont pathogènes, mais reflète plutôt la diversité des micro-organismes pouvant être transmis lors de l'allaitement.
L'étude a également détecté des souches de bactéries communément associées à l'environnement buccal dans les échantillons de lait, notamment Streptococcus salivarius et plusieurs espèces du genre Veillonella. Cette découverte conforte l'hypothèse dite du « flux rétrograde » : pendant le processus de succion du bébé, de petites quantités de bactéries buccales peuvent retourner dans la glande mammaire par le mamelon et les canaux galactophores, puis faire partie du microbiome du lait. Ceci suggère que la flore du lait maternel contribue non seulement « extérieurement » à la flore multisite de la mère, mais peut également former une interaction dynamique bidirectionnelle avec le propre environnement buccal du bébé.
Ferretti a déclaré que cette étude fait non seulement progresser la compréhension des voies de transmission microbienne, mais comble également une lacune majeure dans les données de recherche scientifique fondamentale. Grâce à ce travail, le nombre d'échantillons métagénomiques du lait maternel accessibles au public a presque doublé et est accompagné d'informations détaillées sur l'état de santé maternelle et le mode de vie, fournissant ainsi des ressources précieuses pour les recherches futures sur la relation entre la santé en début de vie et les facteurs liés au lait. L’équipe de recherche espère qu’à mesure que davantage de chercheurs utiliseront cet ensemble de données pour effectuer une analyse de liaison multi-omique, les progrès de la recherche dans des domaines connexes seront considérablement accélérés.
Ensuite, les chercheurs prévoient d’étendre l’analyse au niveau des métabolites et de l’exposition environnementale, comme une étude approfondie de la composition et de la fonction des oligosaccharides du lait maternel, et d’examiner comment les facteurs environnementaux tels que les substances per- et polyfluoroalkyles (PFAS) et la résistance aux antimicrobiens sont transmis par le lait pour affecter le microbiome du nourrisson et les risques pour la santé. L'objectif ultime de l'équipe est de cartographier les trajectoires de santé sur des échelles de temps plus longues et d'explorer si la composition du lait maternel et les expositions précoces dans la vie prédisent les résultats pour la santé à l'âge adulte. L’article connexe s’intitule « Infant Gut Microbiome and Resistance Genome Assembly Associated with Breast Milk Bacterial Strains » et a été publié dans la revue Nature Communications le 22 novembre 2025.
Compilé à partir de /ScitechDaily